Nguyên nhân sâu xa của việc bao bì thực phẩm bị phồng là do vi sinh vật phát triển hoặc vật liệu đóng gói không đạt tiêu chuẩn. Khi ở trong môi trường có oxy và độ ẩm thích hợp, vi sinh vật trong thực phẩm sẽ nhân lên nhanh chóng, giải phóng khí carbon dioxide gây phồng rộp. Thực phẩm bị phân hủy dưới áp lực của vi sinh vật, một quá trình thường được gọi là hư hỏng, tạo ra khí thông qua các phản ứng hóa học. Khi không gian lưu trữ ban đầu không đủ, chai và túi sẽ phồng lên.
Nguyên nhân cụ thể của hiện tượng phồng lên liên quan đến toàn bộ quá trình sản xuất, chế biến, bảo quản và vận chuyển thực phẩm. Nếu ô nhiễm vi sinh vật ban đầu không được kiểm soát ở giai đoạn nguyên liệu thô, nó có thể tạo ra môi trường sinh sản cho sự phát triển tiếp theo. Trong quá trình sản xuất và chế biến, các quy trình khử trùng không đạt tiêu chuẩn (chẳng hạn như nhiệt độ và thời gian) hoặc đặc tính rào cản kém và độ kín của vật liệu đóng gói có thể dẫn đến sự phồng lên về mặt vật lý hoặc vi khuẩn. Trong quá trình bảo quản và vận chuyển, nhiệt độ và độ ẩm quá cao hoặc hư hỏng vật lý cũng có thể đẩy nhanh sự phát triển của vi sinh vật hoặc ảnh hưởng đến tính nguyên vẹn của bao bì.